Nella scuola superiore affiliata con l’università delle Arti Suimei, ci sono due dormitori: quello classico e il Sakurasou, ovvero quello in cui finiscono gli studenti con particolari caratteristiche comportamentali.
Kanda Sorata, il protagonista, è un ragazzo piuttosto normale, appassionato di videogame. Egli viene spedito in questo dormitorio poiché ha il dolce vizio di salvare i gattini abbandonati e di non riuscire poi a trovargli una sistemazione, ma nel dormitorio classico non sono ammessi animali. Il ragazzo non rispetta l’ultimatum di “liberarsi” dei micetti e viene quindi mandato nel dormitorio Sakurasou.
Come già detto, gli inquilini sono persone dalle particolari caratteristiche: incontriamo subito Misaki Kamiigusa, una ragazza del terzo anno eccentrica, molto vivace e dall’enorme talento nel creare e disegnare anime. La ragazza farà subito amicizia con Kanda, soprannominandolo “Kouhai-kun” e spesso gli chiederà dei consigli per conquistare un altro dei loro inquilini, nonché suo amico di infanzia: Jin Mitaka un ragazzo molto più tranquillo e pacato, che ha molto successo con le donne e che come passione scrive sceneggiature. L’inquilino che invece non incontriamo, ma che vi assicuriamo esserci davvero, è Ryuunosuke Akasaka, un ragazzo asociale, amante dell’informatica e creatore di un’intelligenza artificiale, che usa per comunicare con gli altri inquilini. Kanda verrà presto incaricato di andare a recuperare alla stazione un’altra nuova inquilina: Shiina Mashiro, una pittrice che ha intrapreso la strada dei manga, una ragazza bellissima, una persona che però lì per lì sembra essere apatica, nonché incapace di esprimersi chiaramente, né di prendersi cura di se stessa. Kanda si troverà in qualche modo costretto a prendersi cura di lei, cosa succederà nella vita di quei ragazzi in quel folle dormitorio?