Tutto quanto ruota attorno ad un particolare e misterioso pendente che Yugi Mutou, timido e altruista liceale nonchè abile giocatore di Duel Monsters grazie al suo motto “Credo nel cuore delle carte”, ha ricevuto in dono da suo nonno; conosciuto come “Puzzle del millennio”, questo pendente a forma di piramide nasconde un segreto: dopo averlo riassemblato, risolvendo il rompicapo, Yugi risveglia il suo alterego, Yami Yugi, una personalità totalmente diversa, più temeraria e sicura di sè.
I due dovranno affrontare diverse sfide e pericolosi duelli di Duel Monsters, trovandosi di fronte temibili avversari dotati anch’essi di uno dei sette oggetti del Millennio, e padroneggianti i segreti dei Giochi delle Ombre.
Quale segreto si cela esattamente dietro gli oggetti del Millennio? Chi è in realtà Yami Yugi, così diverso ma contemporaneamente così simile a Yugi?