Rintarou Okabe, un diciottenne che si autodefinisce scienziato pazzo, è il fondatore di un laboratorio dove progetta e crea “gadget futuristici” insieme ai suoi amici.
Con lui c’è da sempre Mayuri Shiina, la sua preziosa amica di infanzia, una ragazza dolce, carina, amante dei cosplay, dice di essere “l’ostaggio di Okarin” (soprannome con cui chiama Okabe) però in realtà di tecnologia e gadget non ci capisce molto.
Da un paio di anni c’è anche Daru, un ragazzo che si potrebbe riassumere come un hacker dotato di grandi capacità tecnologiche e con una certa fissazione con i doppi sensi e le ragazze.
L’avventura di questi ragazzi prende piede nel quartiere di Akihabara, quando Mayuri accompagna Okabe ad una conferenza sulla macchina del tempo: in quelle ore iniziano a succedere delle cose che hanno dell’inspiegabile, ma che per qualche motivo soltano Okabe nota…