Ci troviamo nell’anno 2015 nella città di Neo-Tokyo 3, una delle città tecnologicamente avanzate in cui la popolazione si è rifugiata a seguito della più grande catastrofe mondiale avvenuta 15 anni prima che uccise oltre 3 miliardi di persone.
E’ qui che iniziano le vicende di Shinji Ikari, uno studente insicuro e introverso, anche a causa dei rapporti non proprio idilliaci con il padre; ed è quest’ultimo che decide di contattarlo dopo circa 3 anni per farlo recare nella sede della NERV, una speciale agenzia militare creata per contrastare gli attacchi da parte di creature sovrannaturali che rispondono al nome di “Angeli”, al comando della quale vi è proprio il padre di Shinji: Gendou Ikari.
Il compito di Shinji è quello di pilotare gli EVA, giganti robot umanoidi studiati e realizzati dalla NERV per respingere e combattere gli Angeli; al suo finaco ci saranno anche Asuka, una ragazza molto competitiva e all’apparenza presuntuosa, e Rei, ragazza al contrario più silenziosa e assertiva di Asuka.
Ma qual’è il vero obiettivo della NERV? E gli Angeli, sono davvero degli esseri così malvagi?