Era il 1972 quando Misaki Yomiyama, uno studente modello e molto popolare della classe 3-C nella scuola media di Yomiyama Nord, viene trovato morto in casa assieme alla sua famiglia a seguito del divampare di un incendio. Sconvolti e amareggiati per la perdita, compagni e professori decidono di continuare le lezioni come se lo studente fosse ancora insieme a loro, tant’è che durante la consegna dei diplomi il preside fa disporre in aula anche la sua sedia; ma proprio durante quell’importante giorno accade qualcosa di particolarmente inquietante: nella foto di classe per il diploma compare anche lui.
A distanza di circa 26 anni, Kouichi Sakakibara si trasferisce dai nonni e si iscrive proprio in quella scuola; purtroppo però un problema di salute, che lo costringe in ospedale, gli fa saltare l’inizio dell’anno scolastico.
Appena dimesso, inizia a frequentare la scuola proprio nella 3-C; qui ritrova Mei, una ragazza che ha incontrato durante la sua degenza in ospedale, e nota subito che è emarginata da tutti gli altri compagni di classe, viene trattata come se fosse completamente “invisibile”.
Incuriosito dall’atteggiamento dei suoi compagni di classe, inizia a fare delle domande in giro senza però trovare alcuna risposta, a causa anche dell’ostracismo che si è venuto a creare intorno a lei. Spinto dalla voglia di sapere, si avvicinerà sempre di più a Mei, nonostante i continui tentativi di persuaderlo da parte dei compagni. A cosa porterà tutto questo?